IKALUIN Scholarship dijalankan dengan mekanisme berikut ini:
Menggalang dana beasiswa melalui divisi khusus penggalangan dana ke alumni-alumni potensial. Adapun dana beasiswa didapatkan dari dana zakat, infak, sedekah, dan wakaf;
Penandatanganan MOU kerjasama pengelolaan dana beasiswa dengan Social Trust Fund (STF) UIN Jakarta;
Penggunaan rekening bank khusus IKALUIN Scholarship;
Pengelolaan dana beasiswa agar berkelanjutan seperti melalui instrumen investasi sukuk.
Melalui kolaborasi ini, harapannya IKALUIN Jakarta Scholarship dapat menjadi salah satu bentuk upaya untuk mendukung keberlangsungan pendidikan bagi mahasiswa UIN Jakarta melalui penggalangan dana ZISWAF.